结婚生子后的冬冬（梅艳芳 饰）过着相夫教子的的日子，蜘蛛之瞳但世界并不太平。经历过核爆炸后，蜘蛛之瞳世界面临水荒，但却有一家神秘的净水公司控制着纯净水并从中谋取暴利，甚至遏制了整个社会的命脉。此时，一位名叫长空（金城武 饰）的人被推到台前，成为其背后势力反政府的领袖。然而，不久长空被杀，杀手将此罪责嫁祸给冬冬的老公（刘松仁 饰），他也是当时的公安局长。局长因此被杀，冬冬也被捕，军长趁机发动了政变。陈三（杨紫琼 饰）救出总统，同时陈七（张曼玉 饰）受冬冬之托带着冬冬的女儿去寻找干净的水源，冬冬也终于重拾信念做回女飞侠。这突如其来的灾难背后有着怎样的阴谋？三位女飞侠能否再次给这黑暗世界到来一丝曙光？