柯南和小五郎等拉着大队，国产来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，国产大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
苏清和
回复 :故事穿越了多个不同的空间，从主角星猫所在的天神星到12星座战士的不同领地，空间的交换带动着整个故事情节的发展。
山本健司
回复 :天神星的危机尚未解除，新的威胁却又紧接而来… 大天神众人被龙牙兵层层包围之际，在魔化器的催生之下，恶狗将军降世了！ 靠着恶狗将军压倒性的黑暗力量，不但天神星众人都被邪恶势力给制服，更糟的是，魔化器将大天神为首的众人都加以复制出了邪恶的版本。飞碟城里出现了一个神秘的人物，他不但向众人发动攻击，更强行带走了水魔！麻烦的是，受到攻击的星猫中毒了，只有薇薇的净化之力可以为星猫解毒。虽然薇薇然对自己的能力没有信心而不愿意尝试，但是在众人的信赖和鼓励下，薇薇最后不但救了星猫，更成功的掌握了净化之力。阿修和蜻蜓怪激烈的缠斗着。激战中，蜻蜓怪再次进化成蛇怪….
蒋进兴
回复 :小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
