故事发生在东京八丈岛近海，论坛一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，论坛来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
恩雅
回复 :某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
荔枝王
回复 :恐龙这个消失了亿万年的种族，因为一具最新出土的恐龙化石和一块神秘的金属，再度出现在了地球。在地下世界生活着的活泼好奇的小恐龙们，为了长老爷爷能再次回到地面，企图通过那块神秘金属回到过去，扰乱人类历史文明的发展。得知内情的龙翔和从泛古大陆赶来助阵的伙伴们与史前小恐龙们展开了一场场斗智斗勇，诙谐搞笑的争斗。通过龙翔和伙伴们的努力，保护了人类的历史文明，并说服了恐龙大长老，共同联手使地球避免了灭顶之灾……
柿原彻也
回复 :故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈 配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司 配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子 配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。
